הכתובת היא משנת 1873 -תרל"ג הוצבה מעל קשת הכניסה ומציינת את שנת בניית-שיפוץ המבנה בתרומתו של ר' רפאל הלוי, תושב "עיר תהילה ביירות" מלבנון. הכתובת נשחקה בחלוף השנים והוחלפה בכתובת חדשה
הערות:
מאחורי הכתובת (בקיצורים דקדוקיים) מסתתר סיפור על יהודי אמיד מביירות שנישבה ע"י ליסטים בהרי הגליל ונדר נדר שאם יחלץ בשלום מחוטפיו "בסיעתא דשמיא " יבנה -ישקם את בית הכנסת העתיק בפקיעין , וכך היה. מתחת לכתובת הוטבעה אבן ובה תבליט עץ ארז המסמל את לבנון-ארץ הארזים לכבודו של התורם-המשפץ. הכתובת המקורית השחוקה ניתן לראותה במוזיאון הקטן שבמקום