התחנה הייתה בעבר תחנת משא של הרכבת המנדטורית, מיקומה ליד כפר נענה העתיק, לא רחוק מקיבוץ נען. התחנה נוסדה בשנות ה – 20 של המאה ה-20. בהתחלה היא שימשה להובלת תוצרת פרי הדר, ולאחר מכן שימשה גם כתחנת נוסעים
הערות:
לאחר קום המדינה שירתה התחנה את הרכבות בקו לירושלים. בשנות ה-50 נסללה מסילת הדרום מתחנת נען דרומה אל באר שבע ועם פתיחת הקו לבאר שבע בשנת 1956 הייתה תחנת נען תחנת ביניים בקו זה. בסביבות שנת 1992 הופסקה עצירת הרכבות בתחנה וכיום זו תחנה תפעולית בלבד המשמשת למעבר רכבות בקווים תל אביב — באר-שבע ותל אביב — בית שמש. רכבת ישראל משמרת את מבנה התחנה ההיסטורי,