הארכיון ההיסטורי הנו ארכיון יישובי, המתעד ומשמר מסמכים, תצלונים וחפצים מוזיאליים. הארכיון כמאגר מידע, משמש מרכז למידה ומחקר בנושא ראשון לציון, העלייה הראשונה ותולדות היישוב בארץ ישראל וכן מהווה בסיס לתצוגות המוזיאון ולתכניות ההדרכה שלו. באוסף הרשומות חומר החל מ 1882 ועד ימינו, חומר מנהלי ותיעודי, אוספים אישיים, מוסדות חיונך ותרבות, מוסדות ציבור ומפעלים. באוספים אחרים: חפצים מוזיאליים, פריטים מחיי התרבות החומרית, תצלומים וגלויות, מפות, כרזות, מודעות ואוסף אור קולי - כולל קלטות וידאו, סרטים וקלטות שמע עם ראיונות מתוכתבים וזכרונות ותיקים (אוסף תיעוד בעל-פה).
לצד הארכיון מרכז גינאולוגי: אלבום משפחות ממוחשב המשמש את צאצאי המשפחות, חוקרים וקהל רחב. לאלבום אתר איטרנט משלו: http://www.gen-mus.co.il/
המרכז מתעד את מי שחיו במושבה בארבעים שנותיה הראשונות.
המוזיאון מציג את אוספי הארכיון
