הארכיון הוקם במאי 2002 במקלט הספרייה המרכזית והועמד לרשות הציבור כעבור חודשים ספורים.כיום שוכן הארכיון בבניין הסטורי משנת 1904- מבנה הגן הראשון של המושבה. בארכיון ניתן למצוא מסמכים מאז ייסוד המושבה בשנת 1890.אלה כוללים ספרי פרוטוקולים של ישיבות ההנהלה,של אסיפות כלליות, ושל וועדות שונות.מכתבים ניכנסים ויוצאים, ספרי- אחוזה, ספרי-קופה, ספרי נולדים, נשואים ונפטרים.בארכיון אוסף צילומים, מפות, מודעות. כמו כן אוספים אישיים, תיקי משפחות, עבודות מחקר, קלטות שירים מראשית המושבה וראיונות עם וותיקים. בספריית הארכיון ספרים הנוגעים לתולדות רחובות, המושבות הראשונות והסטוריה כללית ופירסומים שונים. הארכיון ממוחשב בחלקו והנו בעיצומו של תהליך בניית מאגר המידע והקמת אתר הסטורי מחודש.
