הנקרות הן תוצאה של תהליך הנמשך אלפי שנים. תחילתו בזעזועים תת קרקעיים שיצרה סדקים בסלע. מי הגשמים חדרו מבעד לסדקים, המיסו אותם ויצרו בתוכם מחילות ומערות ימיות (נקרות) שהלכו והתרחבו בשל גלי הים